In der Zahnmedizin wird Chlorhexidin als Mittel gegen Bakterien und andere Mikroorganismen verwendet. Es hemmt das Bakterienwachstum und die Bildung von Zahnbelag wird für mehrere Stunden unterbunden. Chlorhexidin ist somit eine antimikrobielle Substanz und kann Karies und Kariesfolgeerkrankungen vermeiden.

Oftmals wird Chlorhexidin in Kombination mit Aminfluorid verwendet. Letzteres dient der Mineralienzufuhr für den Zahnschmelz.

Bei der Verwendung von Chlorhexidin kann der Geschmackssinn vorübergehend abgeschwächt werden. Nach kurzer Zeit verschwinden diese Nebenwirkungen in der Regel.